睡眠窒息症引發的短暫腦部缺氧可影響認知功能，意大利一項研究分析了17名患者及15名健康人士的腦部變化，結果發現與健康腦部比較，睡眠窒息症患者的腦部多個區域的灰質有減少迹象，導致記憶、集中力、計劃事情及建構能力下降；研究又發現灰質減少也令控制睡眠的區域出現異常，顯示患者日間經常打瞌睡，除了因晚間睡眠不足外，腦部出現變化的影響更重要。