兩岸ECFA常被視為中港CEPA的翻版，但負責談判、簽署的台灣海基會等官員，隨時要面對綠營的質詢，豈能不小心翼翼，因此，談判的藍本是中國與東盟的《全面經濟合作框架協議》，從名稱、生效日期、簽署人規格等，處處顯示與CEPA的政治差異，綠營如今能再大做文章的，恐怕只有「兩岸經濟合作委員會」。
「安排」顯示兩地不對等
CEPA的中文全稱是《內地與香港關於建立更緊密經貿關係的安排》。用「安排」一詞，而不用帶有條約色彩的協議、協定，可以說顯示兩地關係密切，也可以說顯示兩地地位的不對等。香港人接受一國兩制，對文件的名稱不覺得刺眼，但台灣人顯然無法接受，連同最初的CECA（兩岸緊密經濟合作協議）也被束之高閣。
ECFA須經立法院表決
CEPA的生效日期是「簽署之日」，即兩地官員一簽署就生效，毋須經過立法機構核准。但台灣總統、立法委員都經普選產生，行政機構須受立法機構監察，攸關台灣前途的ECFA須經立法院表決，因此，協議生效方式仍有待雙方「各自完成相關程序」。
CEPA是「安排」，並不是地位獨立、對等的兩個經濟體的協議，因此，在協議上簽署的，大陸一方只是商務部副部長，香港一方則是財政司司長。ECFA的簽署人則是海基會董事長江丙坤及海協會會長陳雲林，兩個級別對等的官方代表。
為解釋、執行、增補及修正CEPA，中港成立「聯合指導委員會」，由雙方指定代表或高層官員組成。ECFA則成立「兩岸經濟合作委員會」，由雙方指定的代表組成，這個委員會令海外輿論及綠營浮想聯翩，由其組成必然包括兩岸高層官員，被聯想為兩岸政治談判的雛形，或被指為國共兩黨繼續進行密室交易的平台。從CEPA的運作來看，兩者都不無可能，但海基會簽署的協議終究要經立法院審議，也就不足為慮。
李平
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