2007年，特首曾蔭權與廣東省政府開會後，宣佈興建一條「專用通道」，連接西九龍與廣州。在此之前，政府一直傾向沿用現有西鐵路軌的「共用通道」方案。箇中的詭異突變，連反對共用通道的工程專家都覺得匪夷所思，認為高鐵的規劃完全取決於長官意志。
06年文件：
數十億元省兩分鐘不合理
2006年呈交立法會的文件上，環境運輸及工務局極力倡議高鐵採用共用通道方案，理由是，為了縮短少許交通時間而花費大量公帑並不合理。文件顯示：「如果我們採用專用通道方案，我們可以提升隧道設計至最高車速每小時200公里，然而預算建造成本會因此大大增加數十億元，原因是隧道需要建得更大來抵受高速列車的車身與隧道壁之間所產生的巨大風阻力。」
文件續稱：「不過，即使鐵路最高時速可每小時多提升40公里，行車時間只能由13分鐘縮短至11分鐘，全程只是減少兩分鐘。花數十億元來節省兩分鐘的車程是不合理的。再者，廣深港高速鐵路的目的是將乘坐鐵路列車往來香港至廣州的時間縮短至一小時之內，而共用通道已能夠達到這個目的。」
至2007年，掌管運輸的環境運輸及工務局局長廖秀冬下台，政府的高鐵規劃隨即改變。特首曾蔭權在一次粵港聯席合作會議後，宣佈港府決定採用專用通道的方案。根據當年的預算，共用通道方案造價約175億元，專用通道方案造價則高一半，逾250億元。高鐵造價估算去年大幅上漲，建造隧道成本增至537億元。
政府官員當年為打倒昨日的我解畫，認為與西鐵共用路軌會限制了高鐵班次，不夠效率。但06年的政府立場是：「如西鐵的乘客量在2030年以後接近飽和，屆時，西鐵將需要加密班次，而我們則可以考慮在這個時期在西九龍總站和邊界之間興建一條廣深港高速鐵路的專用路軌。事實上，我們很難準確預測在2030年後的鐵路乘客需求。因此，先採用共用通道方案是最為審慎的做法。」
連反對共用通道方案的公共專業聯盟主席黎廣德，也不敢苟同政府的轉軚理據，「政府嘅轉變好兒戲，而且亦都冇回應過專用方案缺點嘅問題。」他說，高鐵原先由九鐵公司負責研究，2007年底兩鐵合併後，港鐵提出重新進行高鐵可行性研究，不獲政府受理，「整個高鐵嘅拍板過程，完全取決於長官意志，扼殺專業判斷。」記者蔡元貴