由於本屆世運會正值中國新疆發生維族和漢族衝突騷亂，導致重大傷亡，國際恐怖大亨拉登的黨羽又發出威脅，要殺海外漢人為新疆維人出氣，為保安全，當局出動5萬警察，為高雄世運會保安。當局並與大陸及國際情報機構合作，堵截可疑人士入境，至少有三名來自中東選手被禁止入台。
憂疆獨報復中國隊
據了解，為本屆世運會安全，台灣國安局、國防部、警政署等成立了「中央安全指揮中心」，負責會期內外安全事宜。其中國安局負責統籌整體維安，實際治安則由警政署負責，內政部長廖了以為指揮官；軍方憲兵特勤隊與陸戰隊特勤隊也進駐周邊地區，待命出勤。
國安局擔心中國代表隊或會成為疆獨和藏獨人士報復對象，通令下屬搜集國際恐怖組織、恐怖分子的動向，以及曾滋擾國際大型運動會的團體或個人。同時，對可能對中國不友善的獨派、法輪功等團體，情治單位也加強監控，並派員溝通對話，並未接獲有明顯立即危害的情資。
據悉，包括藏獨、疆獨及法輪功團體都已承諾不會挑釁中國選手，也不會聚眾抗爭，只計劃在比賽場館周邊以和平方式發送傳單，警方要求不得出動宣傳車。當局還透過國際刑警，與中國大陸交換反恐情報，過濾所有參賽選手、裁判、隨隊人員及媒體，其中至少有三名中東選手列入「不受歡迎黑名單」，被禁止入境。
當局還對5,000名代表所入住的31間飯店及供膳中心，當局都設有維安指揮中心，各樓層每天要進行安檢，選手交通車也有防爆儀器、防爆犬進行檢查。主場館每日進行一次防爆等偵測，實施最高規格維安。
台灣《蘋果日報》/東森新聞