過往很多空難都在客機起飛或升降時發生，法航客機今次於起飛約4小時後才在大西洋上空失蹤，極其罕見，充滿謎團。雖然法航最初指客機飛進了暴風區遇雷擊和氣流，但不下於一個專家都說，如果現代先進客機遇電擊和氣流就要失事，那麼人們就不應搭飛機了。專家估計，應該是有連串「災難性事件」發生，才釀成今次罕有意外。但一日未找到客機黑盒，謎團都不能消散。
謎團一：機師為甚麼沒發緊急求救通訊？
出事前，法航客機的系統自動曾發出訊息，指電力系統出現問題，即客機沒有一下子電力全失，若遇危急事件，機師可發出緊急求救訊號，但他沒有，令專家費解。而且，即使失去正電源，空中巴士A330設有後備電源，有個小螺旋槳以風力發電，支持基本儀器和通訊，除非連無線電系統也同時失靈，才令機師未能發訊號求救。
謎團二：客機自動發出訊息指機艙氣壓下降代表了甚麼？
可能因電力故障令空氣壓縮機停止運作，也可能因為機身出現裂痕。機身出現裂痕的原因，暫時難有圓滿解說，因為氣流一般不會令飛機造成損毀，除非被雷暴中的大粒冰雹擊中，但機師一般應可即時報告，但他沒有。
謎團三：雷擊是否足以令客機墜毀？
A330一類大型客機平均3年遭雷擊一次，一般客機平均每飛行1,000小時遭雷擊一次。現代客機多用了複合物料製造，導電比鋁合金差，複合物料部件遭雷擊可能會裂，但罕有構成大問題。客機都有防雷電設計，A330所有電子系統都有一至兩重後備，燃料系統也經特別設計，將雷擊點着揮發燃料的風險減至最低，所以難以想像客機單因遭雷擊墜毀。
謎團四：遇氣流會否令客機墜毀？
客機對上一次氣流釀成的空難已是43年前的事，當時一班由東京飛香港的客機在富士山遇氣流，客機撞山，124人罹難。但現代客機機身設計，都可抵受可預測的氣流衝擊，專家只能想像一些禍不單行的情況，像客機遇上強烈氣流時剛好要動用後備系統，以致失控。
美國Tecop航空顧問公司負責人韋伯更指，A330有慣性感應器發出錯誤訊息，令電子控制系統自動急降的前科，去年10月一架A330因電腦系統故障而誤以為客機攀升得太高，於是自動急降，造成逾50人受傷。
法新社/美國《華爾街日報》/《紐約時報》/英國《獨立報》