根據台灣傳媒的報道，總統馬英九兼任國民黨主席已成定局。此舉雖然有助馬英九整合黨政力量、貫徹自己的施政理念和意圖，但對台灣從黨政分離重回黨政同步的影響，對國民黨與共產黨合作的影響，對兩岸關係發展的影響，都隱藏不利因素。
國民黨在2001年修訂黨主席選舉辦法，規定主席由黨員直選。馬英九要以總統身份兼任黨主席，並非要參加黨內選舉，國民黨又要修訂黨章，允許執政時期的黨主席不必經直選，難免給人感覺像陳水扁任總統時一樣，在總統是否兼任黨主席問題上反反覆覆操弄權術。
馬英九兼任黨主席，有助他動員黨籍立委支持政府，但對現時如火如荼的國共合作及兩岸關係卻有降溫作用，與民進黨在高雄市長陳菊訪問大陸問題上所表現出來的兩岸政策鬆動，大異其趣。
國共峯會恐要中斷
自國民黨主席連戰與中共總書記胡錦濤2005年4月在北京舉行國共逾半世紀後第一次峯會後，國共論壇已成為兩岸合作的主要協商渠道，去年恢復談判的海基會、海協會，只不過是橡皮圖章。現任國民黨主席吳伯雄周一又將訪問大陸，除出席國共論壇外，也會與胡錦濤舉行會談。
由於擔心被綠營攻擊親共，馬英九堅拒訪問大陸，一旦他接任黨主席，一年一度的國共峯會恐怕要中斷。國共論壇變相降級，有助馬英九削弱連戰等人對台灣兩岸政策的干預，有助抬升海基會、海協會的談判地位，但對長期缺乏共信的兩岸來說，沒有國共峯會的面對面溝通，或多或少會有礙兩岸關係的發展。
當然，如果馬英九夠膽略的話，兼任黨主席也可以挑起革新國民黨的重任，更可為兩岸峯會鋪路，以執政黨黨魁名義會談，可避開涉主權的國家主席、總統名份。但以馬英九的優柔寡斷，實在看不到他有如此勇氣。北京對台人士也明言，馬英九既然無意舉行胡馬會，不如不要走出兼任黨主席這步棋。
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