綱要提出要有效整合珠三角港口資源，完善廣州、深圳、珠海港的現代功能，形成與香港港口分工明確，優勢互補的珠三角港口群體。
發改委官員表示，進行港口分工可避免惡性競爭。不過，香港付貨人委員會執行總幹事何立基認為，貨源同樣來自珠三角，協調有困難。
應由市場主導
何立基提出，除貨源一樣，彼此間港口功能亦相類似，而且大部份港口為私人經營，若以行政協調亦存在困難。
何立基建議最好由市場決定港口的功能，同時，珠三角港口設施亦一直存在過剩問題，故地方政府可以在決策上，不隨便投資港口碼頭，以免浪費資源。
而瑞信亞洲區首席經濟分析師陶冬認為，要解決問題最大障礙是地方政府之間的利益衝突如何解決。
加快擴建白雲機場
另外，綱要亦提出加快廣州白雲國際機場擴建，鞏固其中心輻射並提高國際競爭力，將深圳寶安機場發展為大型骨幹機場。加強珠三角民航機場與港澳機場合作，構建優勢互補、共同發展的機場體系。
何立基認為現時航空港受到政府的管制較大，業界最希望能開放政策，隨意讓航空公司停泊任何航空港，增加對香港與內地城市的直航班次。