陳水扁2000年大選勝出任總統，揭露其及家人弊案的負面消息即相伴而生，且越演越烈。接受政治獻金、利用內幕消息炒股等不一而足。2006年扁家更被揭涉國務機要費案，其中扁嫂吳淑珍被控以他人包括購買黃金、鑽戒，以至女人內衣褲等發票，詐領共1,480萬元（新台幣．下同）國務機要費。在其後揭發海外洗錢等多宗弊案中，扁家涉貪污和洗錢的金額超過10億元。
陳水扁首次參與總統選舉時，曾高舉終結黑金政治招牌，但總統任內卻頻陷入金錢糾葛。2004年總統大選前夕，經濟通緝犯陳由豪揭露，1994年到2000年曾先後七次向扁夫婦提供政治獻金，總額3,000萬元，質疑總統府已成「黑金政治中心」；同年又爆出吳淑珍收受SOGO禮券，介入SOGO經營權之爭。2006年又發生扁婿趙建銘被指控涉入台開內線交易，而扁妻吳淑珍則因國務機要費案被起訴。
內衣褲單據報銷機要費
早在國務機要費前，扁嫂於2004年已被爆利用內幕消息，炒股獲利高達數百萬元。其時扁曾為妻子辯稱，指她身殘出門不方便，最大嗜好就是看電視玩股票，「難道我當總統後，連她這點興趣都要被剝奪嗎？」其後，阿扁親家被捲入台開內幕交易案、扁嫂涉SOGO禮券案，至06年6月國務機要費案曝光，弊案越曝越多，最大貪瀆案在扁卸任後爆發，洗錢弊案將扁家、親族、朋友全部捲入。
2006年11月，檢方以「利用職務詐取財物罪、偽造文書罪」對扁妻提出起訴，認定她涉嫌自從2002年7月起至2006年3月為止，以他人付款消費的發票詐領國務機要費中非機密費共1,480萬元，幾乎照顧前第一家庭全家人的衣、食、住、行的各項開支。被拿來報銷的單據、發票，大至購買黃金鑽戒、餐飲消費，小到添置嬰兒用品、廁紙等家庭日用品都有。最荒唐是，連女士內衣褲的單據亦用來報銷。
06年爆發紅衫軍倒扁
此外，國務機要費中有近億元費用去向不明。不過，陳水扁一直堅稱國務機要費用在許多機密外交，但此說不能令台灣民眾相信，06年底，由民進黨前主席施明德帶領，爆發聲勢浩大的紅衫軍倒扁運動。扁妻吳淑珍因國務機要費受審，但她第一次出庭即表演當庭「昏倒送院」，以後先後17次向法院請病假，令該案至今難以結案。
今年5月陳水扁卸任總統後，被揭發前第一家庭有海外賬戶，其後洗錢案越挖越深，疑洗錢地點遍及世界五大洲，包括香港等地，人頭賬戶包括吳淑珍的哥哥吳景茂、扁子陳致中、黃睿靚夫婦和女兒陳幸妤等，存款金額逾7億元。陳水扁辯稱錢是選舉剩餘款，將錢滙往海外是太太吳淑珍所為他並不知情。
特偵組在調查扁家涉嫌洗錢案時，不斷爆出「案中案」，扯出南港展覽館案、竹科龍潭購地案、安亞專案等，弊案幾乎涉及所有前第一家庭成員和陳水扁的心腹幕僚。目前前第一家庭成員中，包括陳水扁、吳淑珍、陳致中、黃睿靚及吳淑珍胞兄吳景茂等5人均被列為洗錢被告，其中陳水扁和吳景茂已遭收押。其他與扁家弊案相關的10名被告，包括前內政部長余政憲、吳淑珍友人蔡銘哲、前總統府辦公室主任林德訓、前總統府出納陳鎮慧、前竹科管理局長李界木、前國安會秘書長邱義仁、前總統府副秘書長馬永成等7人目前都已被羈押中；另外，前調查局長葉盛茂也因為向扁通風報信，涉嫌隱匿公文、洩密案被收押。
台灣《蘋果日報》
扁家涉弊案始末
02/04年
經濟通緝犯陳由豪揭露1994年到2000年，扁夫婦收受3,000萬元新台幣的政治獻金；扁嫂吳淑珍被踢爆利用內幕消息炒股獲利
05/06年
扁女婿趙建銘及親家涉台灣土地開發公司內幕交易案；扁嫂被控收受太平
洋SOGO崇光百貨禮券
06/06年
國務機要費案曝光
11/06年
扁嫂等因涉國務機要費案正式被起訴，但扁因身為總統而遭豁免
08/08年
扁家涉海外案曝光，扁夫婦，扁妻舅吳景茂和兒媳陳致中、黃睿靚5人列為洗錢案被告，扁夫婦更被限制出境
09-10/08年
扁家被揭海外洗錢遍及五大洲的13個國家和地區；其後發現案中案，揭出南港展覽館案、竹科龍潭購地案和安亞專案等；扁多名親信因涉案相繼遭收押
11/08年
陳水扁遭申請收押
資料來源：《蘋果》資料室