據台灣國安局統計，陳水扁任總統期間，當局上呈扁的《國安日報》及《國安周報》等機密文件，應歸檔、退回或由原單位存管的數目，竟少了449份。有國民黨立委質疑扁帶走了有關文件，明顯違法，要求有關部門依法追究。最高檢察署特別偵查組發言人陳雲南稱示，當局將會請國安單位協助調查，如果違法行為屬實，不排除分案處理。
國安局長指行為違法
特偵組日前大舉搜查陳水扁辦公室，扣查40多箱證物，赫然發現其中有六箱和國安局有關，大部份是國安局上呈扁的《國安日報》及《國安周報》等機密文件。據統計，扁在位時期，國安局上呈的《國安日報》1,045份，有82份未退回；《國安周報》則有409份，有284份未退回；2004年6月至今，不定期的《專案》有127份，有25份未退回；04年1月1日至今年5月19日為止，國安局每日呈報的《國安內參》共2,006份，未退回的有58份，其餘共1,948份則銷毀或收回國安局歸檔。換言之，扁未退回國安的機密文件，合計高達449份。國安局長蔡朝明答覆立委質詢時明確稱，任何人帶走這些機密情報文件都是違法的。
國民黨立法院黨團昨召開記者會，質疑陳水扁帶走這些國安機密，要求司法單位嚴加偵辦。國民黨立委邱毅指出，這些機密文件顯然被當成了政治鬥爭的工具，扁的行為是罪大惡極的行為，要求檢方立即偵辦。立委李慶華抨擊蔡朝明曾任前政府的國安局長，質疑縱容扁拿走機密情報文件的人也有責任，蔡則回應，國安局正對事件展開調查。
台灣《蘋果日報》