史上空前大災難「第二次衝擊」令近半數人類死亡，正當人們以為和平日子降臨時，14歲少年碇真嗣被父親召到第3新東京市，遇上被稱為「使徒」的神秘巨型生物，碇真嗣遭到戰鬥波及，被父親強迫駕駛人造人福音戰士「初號機」與使徒對戰。
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