目前以新疆獨立為宗旨的組織，大大小小有50多個，包括「東突厥斯坦伊斯蘭運動」（又稱「東突伊斯蘭黨」，簡稱東突或東伊運）、「東突信息中心」、「東突解放組織」、「世界維吾爾代表大會」、「東突厥斯坦新聞中心」、「突厥斯坦伊斯蘭黨」等，且不斷派生，多在中亞國家活動。
東伊運成頭號威脅
其中，部份公開宣揚要以恐怖暴力手段達到分裂目的，特別是東伊運，自1993年成立以來，已多次在新疆製造恐怖事件，包括1997年2月烏魯木齊巴士爆炸案，以及和田、伊寧恐怖暴動事件等；該組織與拉登的基地組織關係密切，已被中國、美國和聯合國列入恐怖組織名單，中國更視之為疆獨分裂勢力頭號威脅。
此外，中國公安於2003年還宣佈「東突解放組織」、「世界維吾爾代表大會」和「東突厥斯坦新聞中心」為恐怖組織，但這並未獲美國等國家認同，例如「世界維吾爾代表大會」和「東突信息中心」，就在慕尼黑註冊，並在美國等地公開活動。
而日前發放短片，聲稱對近期發生在中國多宗爆炸案負責的「突厥斯坦伊斯蘭黨」，則是近年才成立的疆獨組織，該組織已公開宣稱，要對北京奧運發動恐怖襲擊。
本報記者
今年新疆發生涉疆獨事件
8月4日
兩名男子在喀什發動自殺式襲警，16人死亡，16人受傷
7月8日
烏魯木齊警方圍捕「聖戰培訓班」，當中包括5名「聖戰姊妹」，警方擊斃5人、傷2人、拘8人
4月6日
烏魯木齊警方破獲疆獨組織，拘35人，繳9.5公斤炸藥，當局指該組織密謀在京奧期間綁架外國記者、遊客、運動員，並企圖發動人肉炸彈襲擊
3月7日
南航新疆分公司破疆獨少女企圖在飛北京客機上，用汽油彈引爆案件
1月27日
新疆軍警圍捕疆獨組織遭扔手榴彈反抗，7警受傷
1月4日-11日
警方圍捕「東伊運」成員，拘10人，繳100公斤炸藥及「聖戰」培訓資料
資料來源：《蘋果》資料室