鄧普頓同時被譽為大慈善家，提倡宗教與科學兩者互相融合，雖然此說面對不少批評，但鄧普頓仍堅持以開放態度對待不同的思想家，過去「鄧普頓獎」及「鄧普頓慈善基金」的得獎者分佈在基督徒、猶太人、回教徒及佛教徒，足證其善心兼容並包。
作為美國基督長老教會教徒的鄧普頓，在1972年成立「鄧普頓獎」，除表揚致力促進宗教發展人士外，亦表揚在哲學層面，包括愛、感激、寬恕及創意有貢獻的人。1973年，首屆「鄧普頓獎」得主便由德蘭修女獲得，較她獲得諾貝爾和平獎早6年。
曾表揚德蘭修女
過去35年得獎人士還包括基督教佈道家葛培理（BillyGraham）及俄羅斯文學家索忍尼辛（Solzhenitsyn），目前其獎金經已增至200萬美元（約1560萬港元）。鄧普頓曾表示，諾貝爾獎正缺乏對以上有貢獻者的表揚，因此他的獎金要比諾貝爾獎更高，以顯示宗教、心靈及哲學研究對人類的重要性。
至於在鄧普頓在75歲（1987年）時成立的「鄧普頓慈善基金」，鼓勵以科學方法研究宗教議題及人類本質。該基金提供一項為期兩年的課程，主要研究祈禱的效用，及學習寬恕別人。目前基金經已累積15億美元善款，每年頒發的獎金高達7000萬美元（約5.46億港元）。
然而，他提倡的科學與宗教共存論亦惹來爭議，有批評指兩者共存是自相矛盾，研究兩者相互關係亦不會有成果，但鄧普頓堅持以開放兼容的心態面對，更表示每年均為此而禱告。
鄧普頓透過著作鼓勵大眾追尋人生的核心問題，當中包括科學領域、信念、上帝及人類生存的目的，相信其基督徒身份令他更熱衷研究宗教及科學。