台灣聯合號漁船遭日艦撞沉事件，台行政院除將追究事件的責任外，還勒令外交部檢討、撤銷由民進黨執政時遺留的產物──「日本事務會」，令其回歸到體制內。
聯合號漁船10日凌晨在釣魚台南方海域6海里海釣時，遭日保安廳巡邏船撞沉。台外交部日本事務會執行長蔡明耀事發後坦承，他曾致電海巡署，請漁船暫時不要進入釣魚台12海里地區，在原地待命。對此，行政院長劉兆玄昨日在立法會上接受查詢時透露，經向海巡署長王進旺詢問，原來過去幾年來，有關涉及日的類似事件，都是由日本事務會直接指揮，而非外交部，因此「對撤回的這件事情，我非常不滿意」，他將要追究責任，並進行組織上的調整。
非法機構架床叠屋
據台灣退休外交官陸以正在《聯合報》撰文稱，民進黨8年執政期間，無視外交部組織法的規定，在亞太司之外，架床叠屋另設日本事務會這非法機構，而他對五二○政權輪替後，該機構依然存在「氣憤填膺」。有關日本的事務，原歸外交部亞太司第一科主管，但當時陳唐山部長硬把有關涉日業務劃出來，交日本事務會負責，令第一科的管轄區只剩韓國一地，而原先中日斷交後成立的亞東關係協會，也變成駐日代表卸任後的養老機構，無法發揮功能，而更令人驚訝的是日本事務會僅聽命國安會。由於撞船事件讓外界質疑外交部立場軟弱，當局高層這才發現問題的嚴重性，決定裁撤民進黨遺留的產物。
台灣《蘋果日報》