加航副機師在飛行途中精神失常，差點威脅乘客安全，令人聯想到1999年埃及航空公司客機在大西洋墜毀導致217人死亡的慘劇。美國國家運輸安全委員會調查後證實，該空難是副機師蓄意造成，有消息指他不滿被降職，而將他降職的高層職員剛好在該班機上，因此同歸於盡。
關掉駕駛系統
專家分析出事埃及航空波音767客機的黑盒後，認為機件沒問題，但查閱駕駛艙聲音紀錄儀時，發現副機師巴圖提（GameelEl-Batouty）事發時單獨在駕駛艙內，停止自動駕駛系統及降低引擎馬力，令飛機下墜。機師哈巴希（MahmoudEl-Habashy）發現飛機異常後走入駕駛艙救亡，但巴圖提反而關掉引擎。
埃及航空公司一名前機師後來指出，事發前巴圖提說他被指涉及桃色事件，公司要將他抽離前往美國的航線，種種迹象顯示巴圖提是自殺，不過他的家人和埃及政府否認這些指控。
加拿大廣播公司