馬英九市長特別費案在短短10個月內，已經過一審及二審，但台灣當局至今仍有200多件特別費案仍未偵查終結或正在審理中，包括涉及總統陳水扁、副總統呂秀蓮和國民黨榮譽主席連戰等人。
阿扁呂秀蓮也涉案
目前，除呂秀蓮、民進黨前主席游錫堃等人所涉及的特別費案正在審理中，尚未偵結的案件包括：陳水扁在台北市長任內的特別費案，各級檢察部門負責人共27人所涉及的特別費案，102位民進黨籍行政部門負責人的特別費案等，以及國民黨執政時代歷任內閣共97名正首長的特別費案，包括前行政院長郝柏村、連戰、蕭萬長等人。
所謂特別費是台當局編列給各級公務機構負責人的特別津貼，其中一半要憑單據報銷，另外一半不需憑單據報銷，可由負責人在簽名後直接領用。但長期以來，當局對特別費應如何定性缺乏明確規範。
台灣《蘋果日報》