兩鐵已於12月2日正式合併，有一向購買東鐵全月通月票的乘客不滿，在合併後之新收費制度下，可享有的優惠較使用成人八達通為低，埋怨前九鐵在其續買全月通時，就新車費安排沒給予乘客足夠提醒，以致多付車資。
沒交代新車費安排
賴先生每日由馬鞍山住所乘馬鐵、東鐵及地鐵到九龍灣上班，並一向使用300多元的東鐵全月通月票，以便享有任搭馬鐵及東鐵優惠。平日上下班，他只須額外支付5.6元的地鐵車資便可。兩鐵合併後，他仍繼續使用東鐵全月通，後來發現在新制度下，乘搭馬鐵、東鐵及地鐵從馬鞍山至九龍灣，總車資只是9.6元。
他計算下發現購買東鐵全月通「冇着數」，並埋怨在11月底購票時，前九鐵職員無交代清楚新車費安排，令他多付車資。他表示，於12月1日使用東鐵全月通一程後才發現此問題，向前九鐵職員反映，只答覆若月票未曾使用，始可退票，他感到不公平。
香港鐵路有限公司回覆，去年11月22日起，前九鐵及地鐵已在各沿線車站內張貼有關車費調低的告示，通知乘客即將生效的收費變更。在11月下旬發售12月份的東鐵線全月通時，車站職員在當日起向每位購買全月通車票的乘客派發資料單張，通知服務和車費改變。另外，車站範圍也有廣播，提醒乘客服務將有變更，讓乘客考慮是否購買月票。就此個案，沒有特別退票安排。檔案編號：1201013