大聲講粗口、不排隊、搭霸王車、將腳放在座位，乘客不良行為會製造滋擾，兩鐵現時都有罰則對付，但寬緊不一，合併後變成「一國一制」，跟隨罰則從輕的一方，例如講粗言穢言，現時最嚴重要入獄6個月，將來只保留最高罰款5,000元；不排隊兩鐵都是最高罰2,000元，這些附例提醒市民記得做個禮貌乘客。
合併罰則在12月2日與兩鐵合併同步生效，罰則最高包括講粗口和遊蕩，最高可罰5,000元。將腳放在座位上、不排隊、攜帶動物，最高罰2,000元。無有效車票，例如無票、成人用小童票或東鐵普通等乘客坐頭等座位，罰500元。
大件行李仍需買票
乘客入閘後同一站出閘也有時限，超過20分鐘的乘客要付10元，小童及長者則5元。由於羅湖及落馬洲的最低車費超過10元，故在該兩個車站超過20分鐘原站出閘，成人要付18.8元，小童及長者則為9.4元。
日後攜帶行李進入鐵路的乘客，其行李長、闊、高總和不可超逾170厘米，其中一邊不可超過130厘米。現時乘客在九鐵攜帶大件行李時，須購買行李票或使用託運服務的規定不變。本報記者
兩鐵合併後違規行為罰則
違規行為：講粗口 最高罰款：5,000元
違規行為：遊蕩 最高罰款：5,000元
違規行為：攜帶動物 最高罰款：2,000元
違規行為：將腳放上座位 最高罰款：2,000元
違規行為：不排隊 最高罰款：2,000元
違規行為：演奏樂器 最高罰款：2,000元
違規行為：無有效車票 最高罰款：500元
違規行為：超過20分鐘在同站出入閘 最高罰款：每次10元
違規行為：超過30分鐘入閘轉車 最高罰款：收另一程車費
資料來源：地鐵公司