華航客機爆炸事故已由日本國土交通局的航空鐵道事故調查委員會負責調查，俗稱「黑盒」的飛行數據記錄儀已找到，並送往東京作進一步調查。據台灣專家稱，跑道上或停機坪極可能有障礙物撞擊油管，才導致大量漏油，因大量漏油的情形若在空中就發生，機長一定會發現。
目前，事故原因仍眾說紛紜，雖然初步調查相信是因機身右側漏油導致起火並引致爆炸，但無法確定那裏漏油及漏油原因。日方前晚經初步調查後，確定肇事的華航CI-120班機是在落地後才發現大量漏油起火。
整個調查結果需時半年
日方調查組昨早又與華航、波音公司等人員進入爆炸的客機機艙殘骸勘查。據調查組負責人稱，這次爆炸燒得相當嚴重，調查人員稍微翻開機殼查看，確定漏油引起，但無法確定那裏漏油。調查人員懷疑肇事飛機主翼燃料箱內的輸油管因某種原因而破損，導致洩漏的燃料接觸引擎的高溫後起火，並引起爆炸。日方調查人員強調，具體原因必須由波音公司專業技術人員拆解機體才能查清，但有專家稱，整個調查結果需時半年至一年。
據台灣民航局證實，肇事飛機在本月4日和5日，連續兩日發現機翼感應器發生故障，但相信與此次飛機爆炸事故沒有關系。
台灣《蘋果日報》