深圳福田口岸是一座聯檢大樓與地鐵為一體的建築物，地下與1樓為皇崗地鐵站，2樓為入境大堂，3樓為出境大堂，市民過關後可以直接進入地鐵站；整座大樓佔地十多萬呎，是深圳目前最大的聯檢大樓。
7至10分鐘一班車
皇崗地鐵站目前設兩個出入口，A出入口通往裕亨路及漁農村；B出入口通往西廣場及保稅區。皇崗地鐵站為深圳地鐵四號線，營運時間為早上6時至晚上11時；平時10分鐘一班，繁忙時間及節假日為7分鐘一班；皇崗站至羅湖站為人民幣4元。
聯檢大樓對開的巴士站，目前主要有三條巴士線（見表），往西可以到香蜜湖及景蜜村，往東可到羅湖東門及東昌。市民乘坐巴士須留意其服務時間，特別是52號線尾班車是晚上7時。
福田口岸三條巴士線路
巴士線：203號（漁農村-東昌）
經過路線：口岸大隊、上海賓館、地王大廈、東門、東門中、翠竹萬佳、松泉公寓
收費（人民幣）：2.5元（冷氣）1.5元（普通）
巴士線：52號（漁農村-東昌）
經過路線：福強路、聯合廣場、黃貝嶺、水庫新村、東湖賓館、彩世界家園、布心市場
收費（人民幣）：2.0元（冷氣）1.5元（普通）
巴士線：241號（漁農村-紫薇閣）
經過路線：皇崗村、沙咀村、上沙村、香蜜湖北、景田沃爾瑪、福田外語學校、景蜜村
收費（人民幣）：2.0元（冷氣）1.5元（普通）
資料來源：深圳市交通局