穆沙拉夫今次清剿了紅色清真寺，不等於已擊潰當地回教原教旨主義勢力，因為原教旨主義大本營是在政府管不到的西北邊境省，當中以瓦特山谷（SwatValley）為基地的「執行先知穆罕默德法典運動」（TNSM）組織勢力最大。
控制中巴貿易要道
親塔利班的激進回教組織致力把全國「塔利班化」，阿齊茲兄弟以紅色清真寺為基地，試圖將勢力滲透到首都，穆沙拉夫決定打壓紅色清真寺，TNSM領導人法札爾（MullahFazal-ullah），隨即指使手下襲擊政府設施，斯瓦特山谷一間警局遇襲，一名警員被火箭彈擊斃。因此回教原教旨主義的第二股力量仍然存在，而且他們扼住絲綢之路、中巴貿易要道喀喇昆侖（Karakoram）高速公路。其他激進分子散佈在瓦濟里斯坦和俾路支省，估計人數多達20萬人。
為了徹底瓦解原教旨主義勢力，紅色清真寺教士阿齊茲和學生被押解到拉瓦爾品第（Rawalpindi）審問，希望可以掌握他們與阿蓋德第二號領袖扎瓦希里（Aymanal-Zawahiri）的通訊和財政渠道、塔利班的訓練大本營等情報。
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