檢方指控：特別費是公款
馬英九答辯：特別費是私款，是首長實質補貼
檢方指控：行政院1998、2004兩份特別費公文和台北市府預算書說明認定特別費是公款
馬英九答辯：大法官解釋、法務部諮詢意見、引用南檢、竹檢的兩次不起訴處分書，認為特別費是私款；他事先不知檢方引用的行政院公文
檢方指控：馬明知公務使用沒到特別費半數，卻還出收據或發票，令會計錯把特別費滙入馬的戶口
馬英九答辯：注意力集中在市政上，特別費是事務性工作，不需要親自參與
檢方指控：馬首次應訊時說知道特別費是公款
馬英九答辯：他一開始就認為特別費不是公款
資料來源：起訴書和馬英九庭訊內容