要數回歸以來影響最深遠及最富爭議性的教育政策，教育界認為非母語教學莫屬。教育署在回歸前97年的今日，正式提出母語教學建議，強制所有官立及資助中學以中文為基本教學語言，除非學校可證明學生及教師有能力以英語上課，才可向教署申請豁免。
回歸之後，特區政府98年推行母語教學。原意讓學生以較易掌握的母語去學習，10年來引發有關中中、英中的爭拗不絕，不少升中學生為爭入112所英中，讀書壓力大增。當局指母語教學可提升學生兩文三語水平，結果不但不成功，反拖垮整體英語水平。過去幾屆母語教學下的會考生英文科及格率，都未及推行母語教學政策前。
教統局去年落實新教學語言政策，引入英中「上車」「落車」機制，98年被迫轉為中中的前英中極力爭取再做英中；現英中卻擔心落車，部份有附屬小學的名校紛紛轉為自決教學語言的收費直資學校，出現「貴族直資」，令貧窮學子望而卻步，有意見擔心長遠會影響社會流動性，令跨代貧窮問題惡化。