「我跟陳總統的關係很好啊！如果不是，他不會兩次都找我做他的副手！」被指與陳水扁「同床異夢」、「四大天王」中人緣較差、沒有派別的呂秀蓮呼寃：「錯了，我的人際關係是最棒。你怎麼知道這些事，這些都是媒體報道的，我一直沒有去澄清。只要有人利用媒體攻擊我，一家媒體報道，其他媒體也會跟着報道。」
「我跟任何人沒有恩怨。陳總統（1992年）成立太平洋爭議連線，我是大姐大。陳總統後來說，我們當選總統、副總統後，不要介入派系，我因此退出。」她續稱：「你看，你看AP（美聯社）這事件，這一年多來，很難見到朝野都聯合起來幫我，就連馬英九、台聯和民進黨都支援我，陳總統也表態支持。」