對於總統陳水扁被指涉及國務機要費案，呂秀蓮被問及一旦當選2008年總統的話，會不會特赦陳水扁時，她馬上打起十二分精神：「沒有，陳總統到現在並沒有罪啊！不能這樣說他啊！我是學法律的，就是法院三審判定一個人有罪的時候，大家都是沒有罪的。我們的法律規定，如果判定有罪的話，總統有特赦權，這是法律規定的。可是，目前沒有人可以說任何人有罪啊！我們是個非常法治的國家。」
在這黨內總統初選的敏感前夕，呂秀蓮在接受訪問時，處處維護陳水扁之餘，亦對總統推行的「四要一沒有」辯護，認為與其先前的「四不一沒有」的精神，沒有差別，希望大家不要大驚小怪。