日本歷史對天皇祖先的記載語焉不詳，只說第一位天皇神武天皇，在公元前660年即位，是「天照大神」的後裔，僅有年表而欠缺實際事迹記載，一直到第十代的崇神天皇，才有實際文物支持。日本早期歷史一片空白，令日本以至外國歷史學家都認為日本天皇的祖先根本不是本地人，而是外來的中國人或朝鮮人。
神武天皇可能是秦朝徐福
中國史學家一直認為神武天皇，就是當年秦始皇派遣出海求仙藥的徐福，而近代學者也大多認為，日本早期天皇可能來自中國或朝鮮，因為中國大陸和朝鮮半島鄰近日本，在上古時已有大批人渡海移居日本，繁衍至今就是現代日本人。1970年代，日本學者鳥越憲三郎指日本人源自雲南，其後更有人將範圍縮窄至彝、哈尼和傣等少數族裔。英國《泰晤士報》前年在一篇報道中，揣測日本政府嚴禁學者調查天皇皇陵，就是怕發掘出天皇是來自中國或朝鮮半島的證據。
這論點獲現代遺傳學的支持，考古學家在1980年代，曾為一副日本原住民骸骨進行脫氧核糖核酸（DNA）測試，得出的數據和現代日本人差異極大，僅和北海道一批現存的少數族裔脗合；東京大學醫學院的德永勝士也在2003年，比較了東亞各國人第六號染色體的HLA遺傳基因，結果發現日本人不像沖繩人或北海道阿伊努人，反而更像朝鮮人。
日本人擁有朝鮮人血統是不難理解，據日本編年史記載，桓武天皇的母親是古代朝鮮百濟王國的王族中人。
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