在暗殺威脅下，教宗訪問土耳其的確是危險之旅，教廷和土耳其當局嚴陣以待，部署最強保安措施。梵蒂岡放棄教宗專用的防彈車，改用多輛裝甲房車，掩護教宗座駕，甚至建議教宗穿着防彈衣，而土耳其更為教宗提供美國總統級的保安規格。
多輛同款車掩人耳目
教宗每次外訪，都會乘坐專用的防彈玻璃專車，以便向沿途民眾揮手問好，但因應激進回教徒的威脅，梵蒂岡開會否決教宗在今次訪問使用教宗專車（Popemobile），決定改乘裝甲車，而且還安排了幾輛同款裝甲房車掩人耳目，令施襲者無法肯定教宗坐在哪一輛車上。
教宗訪土期間會拜訪藍色清真寺（BlueMosque）和其他歷史性建築，梵蒂岡要求教宗全程在教宗長袍底下穿上避彈衣。據英國《每日紀事報》報道，教宗已經拒絕建議，他和同行的五名樞機主教都不會穿避彈衣。
梵蒂岡和意大利安全部隊，連日來跟土耳其警方商討保安安排，除了機場由軍隊保護，也要求土耳其警方在安卡拉（Ankara）、伊斯坦堡（Istanbul）和以弗所（Ephesus）等教宗將到訪的城市，在主要建築物安裝閉路電視和部署神槍手及特種部隊，博斯普魯斯（Bosphorus）則部署軍艦巡邏。
土耳其消息人士透露，當局以「美國總統」規格來保護教宗本篤十六世，保安人員組成三層防囗圈，內圈由教宗的保鑣負責，第二重和外圍保安，分別由土耳其總統保安隊和安卡拉保安隊負責。
當局如此緊張，因土耳其民族主義猖獗，敵視教廷，已故教宗若望保祿二世1981年遭右翼分子阿賈暗殺；最近土耳其作家卡亞（YucelKaya）指他寫的《教宗受襲》，描述教宗車隊在伊斯坦堡被炸死，並非純粹創作，而是對教宗的警告。
英國《泰晤士報》/《囗報》