《校本條例》實施年期最初是00年，但受到天主教和聖公會等主要辦學團體反對，一直未能交立法會表決。條例下新引入的不同校董中，教區最怕是家長校董，陳日君曾表示，一旦家長提出學校不許教《聖經》並成事，便會破壞天主教的教育信念。由於家長代表是由全校家長選出，故辦學團體擔心在家長壓力下，即使辦學團體在校董會內票數過半，也被迫遵該一名家長代表的意見，否則可能引來家長群起反彈。
在談判期間，辦學團體其實一直處於談判上風，迫使教統局作出重大讓步，包括辦學團體代表在校董會內的法定人數，由五成增至六成；家長及教師代表由分別兩名減至各一名；辦學團體可推薦校長。
教統局前常任秘書長羅范椒芬在任教育署署長和局長時，極力推動設立《校本條例》。她經常到學校探訪，直接收到家長和教師對學校的投訴，搜集到不少黑材料。教統局曾揭發有辦學團體安排一人兼十多校的校董，有人90多歲仍當校董，有校董會只有數人組成，學校將辦學經費上繳辦學團體等。
但陳日君擔心隨着回歸，政治勢力藉着校本條例介入學校，他表示，會積極培養同聲同氣的家長和教師做校董，但也揚言會放棄部份學校的辦學權。
本報記者