李遠哲促請陳水扁慎重考慮下台問題，隨即引發台灣朝野政黨強烈反響。國民黨團書記長蔡錦隆表示，只要是一個良心、有道德的人，都會勸陳水扁下台，李遠哲的聲明，可算是「遲來的正義」。親民黨發言人李鴻鈞亦指，當初推扁上大位是李遠哲，現在發現推上去的是個爛人，當然有責任把他拉下來。
民進黨副秘書長感震驚
而民進黨副秘書長蔡煌瑯昨晚回應，對李遠哲的公開信感到震驚，但會謹慎、嚴肅看待有關建議。台聯黨團總召廖本煙也說，若陳水扁肯主動下台，付出的社會成本較低，不失為較好的方式。
今年70歲的李遠哲，在1994年頂着諾貝爾獎得主的光環，返台擔任中央研究院院長，在台灣社會有極高聲望，2000年促成台灣「變天」，2004年又支持陳水扁連任。至今年6月，陳水扁與第一家庭飽受貪瀆疑雲困擾，李遠哲發表聲明，要陳水扁「止謗莫如自修」，對陳水扁投下不信任的一票。
台灣中央研究院院士、台灣大學政治系名譽教授胡佛表示，李遠哲一直是個知識分子，第一次支持陳水扁，是認為政黨輪替並非不好。以他的學術光環，相信對台灣民眾有着絕對性的影響力。東吳大學政治系教授劉必榮也認為，李遠哲的公開信，無疑是對陳水扁的當頭棒喝，民進黨改革派勢必深受鼓舞。
台灣《蘋果日報》