台灣目前有兩大組織主導倒扁行動，一個是「全民倒扁行動聯盟」，一個是「百萬人民倒扁運動」總部，前者以一批學者、文化界名人為主，後者由民進黨前主席施明德發起。
「全民倒扁行動聯盟」的發起者是台灣「民主行動聯盟」，總召集人是台灣大學心理系教授黃光國。「民主行動聯盟」成立於2004年5月，發起人還包括詩人余光中、政論家南方朔、導演侯孝賢等，宗旨是反對民粹式的極權政治。至本月11日，「民主行動聯盟」發起「全民倒扁行動」，包括台灣之聲電台主持人許榮棋等挺綠人士也加入。
而施明德在本月12發起「百萬人民倒扁運動」，呼籲每人捐100元新台幣承諾金倒扁，至25日凌晨零時截止募捐，共收到1.1億元（約2,600萬港元）捐款，估計超過100萬人響應倒扁。