台灣總統府警衞分成內、中、外衞三區。內衞區（總統府建築物內）由總統府侍衞室負責，成員不僅配備多種槍枝，還有可探測核生化襲擊的各種儀器。至於總統的貼身護衞工作，則由玉山警衞室100多名持槍特工擔當。
而中衞區，包括總統府門口到府區與四周道路相鄰的水溝蓋，由憲兵211營負責，兵力約500人，其成員皆由各陸軍營區的精英中挑選，身高必須在175公分以上，且體格強健、身家清白。至於外衞區則是府區周邊，日常由台北市警察局中正一分局負責。而憲兵202指揮部，設於總統府正後方，主要任務是要戒護總統府所在的博愛特區，配備有裝甲車等重型武器。
而按台灣軍方曾制訂的「萬鈞計劃」，一旦總統府遇襲，總統可由202指揮部四至五部裝甲運兵車戒護撤離，或是由直升機在博愛特區大樓接到衡山指揮所。