在內地的名牌大學排行榜上，北京大學和清華大學經常分居頭兩位。北京大學創立於1898年，最初名為「京師大學堂」，是中國第一所國立綜合性大學，也是中國新文化運動的中心和五四運動的策源地，蔡元培、陳獨秀、魯迅、胡適等都是當時的著名人物。其崇尚自由及帶有人文精神的學風，一直為人所稱頌。北京大學現時擁有的教授、博士生導師、中科院院士及國家重點學科和國家重點實驗室的數量均居中國高校之首。
清華大學始建於1911年，被譽為「工程師的搖籃」，不少中共政要與知名學者均在清華畢業，如國家主席胡錦濤、前總理朱鎔基，著名科學家楊振寧則是該校的榮譽博士。經過多年的發展，清華已成為一所多元化的理工科大學，是國家培養重點工程人才的基地。