就在余杰等幾位中國地下教會人士跟美國總統喬治布殊會面討論中國的宗教自由問題後，余杰先生隨即收到一封來自香港中國神學研究院的電郵，指「鑒於近日引起廣泛關注的某些國際事件，我們認為目前邀請您來港已不適宜，因此決定暫時取消您於今年六月十一日至二十四日來我中心做訪問研究的計劃。」
雖然香港中國神學研究院的電郵沒有清楚說明所謂「引起廣泛關注的某些國際事件」是甚麼，但誰都看得到取消邀請跟余杰先生與布殊總統會面有關。問題是，這樣的會面為何會令研究院作出如此強烈的反應、為何會令研究院即時取消余杰先生來港研究呢？難道研究院受到中國政府或特區政府的強大壓力？又或是研究院只是為了避免開罪中國政府而自我審查、自我設限呢？這些都是有必要盡快搞清楚、弄明白的。
正如余杰先生致香港中國神學研究院的公開信所言，他及其他兩位地下教會人士跟布殊會面並不是甚麼見不得光的事，也沒有觸犯任何中國或香港的法律，更沒有違反任何基督教教義或聖經規條。可以說，他們跟布殊總統的會面完全是合情合理合法的，並且可以讓美國政界、讓國際社會更了解中國內地的宗教自由狀況、更關注內地的宗教自由問題。對所有關注內地教會、內地宗教自由的人或團體來說，這樣的會面肯定是件好事、是有益有建設性的事；香港中國神學研究院作為一個關注內地宗教事務的機構理應歡迎這次會面、理應支持這次會面；誰知道香港中國神學研究院居然以不清不楚的理由即時取消邀請余杰先生來港研究交流。這怎不讓人擔心研究院是基於政治壓力、是基於不想得罪中國政府而把余先生拒諸門外呢？
是的，中國政府在打壓異見人士時是無所不用其極的；是的，中國政府在打壓爭取宗教自由的人士上是毫不手軟的，此所以內地的地下教會、內地不願受官方教會控制的信徒面對非常困難的處境；但是香港跟內地不一樣，根據一國兩制及《基本法》，香港市民享有宗教自由，香港的宗教組織不受中國政府控制，也不需聽命於中國的官方宗教組織。而既然香港宗教團體有這樣的特殊的保護、有這樣特殊的位置，他們理應盡力推動內地改善宗教自由、理應盡力協助改善內地受壓制信徒的處境。只可惜香港中國神學研究院不僅沒有好好利用香港的特殊優勢幫助內地的地下教會、幫助內地受欺壓的信徒，反而配合內地政府的打壓政策、反而令內地信徒的處境更困難，這種助紂為虐的做法不是令人非常失望嗎？
更重要的是，香港中國神學研究院撤銷邀請余先生來港的決定對學術自由、對一國兩制、對香港的獨特地位都是有損害的。研究院原先邀請余先生來港是進行學術研究及交流的，只因為余先生跟布殊會面、只因為中國政府反對有關會面，研究院就取消有關學術研究、就取消邀請余先生來港，這等同是對學者的行為作政治審查、這等同是在排斥「不聽政府話」的學者；當學術交流被政府左右、操控時，學術自由怎能不受損害呢？若果愈來愈多學術機構、宗教機構跟香港中國神學研究院那樣揣摩北京的意思、那樣「識做」，香港學術交流的空間將會大為收窄、香港的學術自由將會被嚴重削弱，甚至只剩下一些「聽話」的學者可以來港。這對香港的損害實在是難以想像、難以估量的。