康熙十九年（一六八○年），清朝平定「三藩」叛亂取得決定性勝利後，康熙皇帝在養心殿大宴百官，施琅則啟奏：國家尚未統一，慶祝為時尚早，建議平叛軍隊全線東移，解決台灣問題。而當時年幼的台灣延平王鄭克塽（鄭成功之子），被外家挾制，多次拒絕滿清朝廷招撫和談。
之後，施琅又揭發貝勒（王子）奈塔與台灣私通信件，允許台灣「自立乾坤」，康熙怒斥「分裂江山社稷」之舉，並十分讚賞施琅提出的以剿代撫、以戰迫和的對台方略，起用施琅為福建水師提督。
康熙二十二年六月，施琅指揮戰船三百艘、將領士卒三萬人，乘南風之勢，進軍澎湖，經過五個時辰的激烈戰鬥，攻佔澎湖。延平王召集百官商議後，決定與清廷議和。翌年，康熙下詔，台灣設一府三縣，下令屯兵鎮守台灣。