由於長江水量減少，加上污染嚴重，目前長江流域已有五百多個主要城市取水口受到不同程度的污染，供水安全受到威脅。
官方最新《長江流域及西南諸河水資源公報》顯示，二○○四年度長江流域廢污水排放總量為二百八十八點一億噸，較上年度增加十四點八億噸，增幅為百分五點四。其中生活污水超過八十億噸，佔近三成；工業廢水則超過二百零二億噸，約佔七成。
排污口取水口錯分布
由於長江是大部份沿江城市的供水水源地，隨着排入長江的廢污水量迅速增加，加上缺乏統一規劃，不少城市江段排污口與取水口交錯分布，污水對城市供水安全構成極大威脅。新華網引述環保專家、長江流域水資源保護局前局長翁立達表示，目前長江流域已有五百多個主要城市取水口不同程度地受到岸邊污染帶的影響，上海、南京、武漢等沿岸城市的轉嫁污染是主因之一。
長江流域主要湖泊的富營養化狀況（主要表現為浮游生物大量繁殖、破壞生態）也嚴峻，過去不少城市的食水供應源自湖泊，但現在改由從長江幹流引水的「湖改江」工程十分普遍。