對於台灣艦隊的指揮官下令艦隻讓出主航道、讓大陸潛艇繼續航行，有台灣國防部鷹派人士批評，事件中指揮官的決策不當，明顯怯敵，要求海軍總部懲處。台灣海軍高層將領則表示，根據航行防碰撞國際公約，在行事中已行駛於主航道上的台灣艦隊有優先權，大陸核潛艦應等台灣艦隻通過後才能航行。
指揮官經驗不足
有台灣軍方人士稱，若該艘大陸核潛艇當時有代表作戰的下潛舉動，便極可能會「擦槍走火」，更可能觸發台海大戰，後果難以想像。
台灣海軍退役中將蘭寧利分析，中國核潛艇浮航時，一定會有護衞艦或前導艦隨行，且會夜間航行，這次白天航行又無護衞艦，相當不尋常。不過，浮航就代表無敵意，這次台灣艦隻讓行，指揮官的經驗略有不足。
防長握「開火權」
《全球防衞》雜誌總編輯鄭繼文則認為，潛艇的戰力主要在水下，如果雙方接戰，浮航的大陸核潛艇會被台灣艦隻打得無還手之力。不過，潛艇浮航代表並無敵意，台軍若貿然進攻，將要承擔開戰之罪，以今天兩岸軍事對陣並未緩和的局勢，台灣軍艦以列陣作法保持警戒，做法適當。
根據台灣國防部的「危機處理應變機制」，軍方目標的「開火權」或啟戰權，須由國防部長決定下達。前線的軍艦或戰機沒有接獲命令，即使對方開火，也只能先閃避或承受，待命令下達才能還擊。
台灣《蘋果日報》