馬英九雖然在國民黨主席選舉取得大捷，但他在未來三年要鞏固其藍營「共主」的位置，進而晉身總統府，仍然面臨不少挑戰，當中包括泛藍團結、黨產處理和朝野平衡三大難題。而他能否取得中南部民眾的支持，也有待觀察。
台灣政治大學政治系專任教授劉義周指出，在台灣的政治體制，立法院長對立法委員的影響力很大。「馬英九在立法院的影響力可能不及連戰。作為立法院長的王金平今後會否配合馬英九，目前仍很難說。」至於國民黨如何維持與親民黨的緊密團結，以及在年底的縣巿長選舉中協調出雙方都能接受的方案，也是一大考驗。
不過，劉義周對於藍營整合仍感樂觀：「下一屆的立法委員選舉將採用單一選區制度，只有在每個選區中得票最多的候選人才能當選。在這個對大黨有利的制度下，親民黨必須跟國民黨合作，兩黨的合作空間也會較大。」
另外，在二○○○年失去執政權後，國民黨就已多次提出妥善處理黨產爭議的訴求。馬英九今後如何實現其徹底處理黨產問題的承諾，已成為各方焦點。
本報記者/中央社