審計署又炮轟水利部門等單位違規徵地、拖欠民工工資、徵地補償，以及水利建設資金被滯留、挪用問題嚴重。
滯留資金26億元
報告指出，一些水利工程向農民支付的土地補償，嚴重低於國家規定的標準，部份地方政府甚至安排農民免費做工，代替地方政府應支付的建設資金。審計署抽查一百八十六個專案中，二十五個違規徵地二十八點七萬畝，九個拖欠徵地補償款和民工工資三點七億元。
而且，水利部及十五個地方水利機構至○三年底滯留資金二十六億元，佔當年水利投資總額的一成一，而陝西省財稅部門更從籌集的水利基金中提取業務費逾億元，大多用於發放職工補貼、獎金。
去年的審計報告點名批評多個部委，部份官員反應負面，惟中共總書記胡錦濤的清華大學同窗、水利部長汪恕誠率先作出回應，處分屬下二十三名官員，為總理溫家寶一手倡導的「審計風暴」開道。