醫管局行政總裁是局內的最高管理人員，負責管理及發展全港四十二間公立醫院及公營醫療機構，轄下員工約五萬人，一年運作經費逾三百億元。行政總裁除要統籌執行衞生福利及食物局制訂的政策外，也須就公眾對醫院服務的需求及醫院所須的資源，向政府提供意見；並就公眾使用醫院服務須付的費用提建議。現任行政總裁年薪逾四百萬元，較衞生福利及食物局局長的三百七十多萬元高。