除了每月薪金外，愈來愈多僱主都會在年終發放雙糧或獎金予其員工，甚至會向員工提供公司股票期權計劃。因此，國家稅務總局在2005年初頒布了兩份新通知，對這兩項收入的計算方法等作出規定。
僱主通常會將全年薪金分13個月發放給其員工，而第13個月薪金通常會於年底或次年初發放（下稱「年終雙糧」），有些僱主更給予其員工額外全年1次性獎金（下稱「年終獎金」）。在2005年1月1日以前，很多僱主會透過半年獎、季度獎等去減低員工的中國個人所得稅稅額，因為這些獎金或年終雙糧會作為獨立的應稅項目來確定適用稅率和速算扣除數，利用較低的稅率來計算應繳納的中國個人所得稅稅額。但新通知規定，只有根據員工全年工作表現評核而分發的全年1次性年終雙糧或獎金，才可以根據新通知來計算該筆款項應繳納的中國個人所得稅稅額。新通知下，年終雙糧或獎金會除以12，並按其商數對照個人所得稅稅率表，以確定適用稅率和速算扣除數，然後用這個較低的稅率計算整筆年終雙糧或獎金應繳納的中國個人所得稅稅額。要注意的是，在1個納稅年度內，該計稅辦法只允許採用1次。其他獎金或花紅則一律與當月工資、薪金收入合併來計算其稅額。
舉個例子，李先生於2005年2月取得一次性獎金12萬元。按照舊的計算方法，應納稅款為38625元，但根據新計算方法，將12萬元除以12，商數為1萬元，1萬元相對應付稅率和速算扣除數為20%和375元，因此應納稅款僅為23625元。新舊方法計算出來的稅款相差15000元，應納稅款會較舊方法減少了39%。
另外，有些員工會參加其僱主提供的股票期權（下稱「股權」）計劃，即公司授權員工在未來時間內，可以特定價格購買一定數量的公司股票。所謂「特定價格」，一般為股權授予日的市場價格或該價格的折扣價格。
當員工接受公司授予的股權時，一般不作應稅所得。但當員工行使股權時，該特定價格與行使日市場價的差額，須按工資薪金所得計算中國個人所得稅稅額。員工因擁有股權而取得的公司稅後利潤分配所得，亦須按利息、股息、紅利所得的規定計稅。
如員工因參加公司股權計劃而取得的工資薪金所得源於境內或境外，便需按照員工在境內、境外工作月份比例計算。來源於中國境內的股權收益，最多可攤分6個月計入工資薪金所得，以計算其應繳納中國個人所得稅稅額。但是從2005年7月1日起，如在境內工作期間月份是超過12個月的，可攤分12個月，並會當作為一個獨立的應稅項目來計算其應繳納的中國個人所得稅稅額。
新通知對如何計算年終雙糧、全年1次過獎金或行使股權收益的中國個人所得稅稅額作出清楚的規定，因此，香港公司及其員工須清楚了解新通知的規定，衡量新計算方法對其員工所得稅所產生的影響，再去考慮如何調整公司的薪酬政策。
譚振雄 德勤稅務合夥人
李友怡 德勤高級稅務顧問