剛選出新教宗本篤十六世，台海兩岸即爆發外交戰，跟梵蒂岡無邦交的中國，向新教宗發出賀電，外交部發言人表示，中國教會向全國各地教堂發通知，為新教宗祈禱，他強調中國願在兩項基本原則上跟教廷改善關係，一是教廷必須與台灣斷交，二是不得以宗教事務干涉中國內政，而台灣的陳水扁總統，就正積極研究再前往梵蒂岡出席新教宗彌撒的可能。如何處理梵蒂岡與台海兩岸關係，是新教宗的一項難題。
天主教香港教區主教陳日君透露，教廷一直有人員與北京接觸，中方反應不積極是雙方關係難以突破的主因，他又指北京其實不必擔心天主教干預政治，中國天主教徒力量很小，天安門事件也沒機會造反。
中國提出的與教廷建立邦交的兩項基本原則，第一項對教廷來說已不是問題，早幾年教廷的國務卿已公開表示，「只要中國同意，教廷可以立即將駐台北辦事處遷往北京」，教廷的官員也向國際媒體公開傳達「教宗願意和北京討論建交條件」的訊息。前教宗若望保祿二世，在二○○一年紀念利瑪竇到中國傳教四百年之際，曾對過去西方傳教士在中國犯下的錯誤表示「難過」與「遺憾」。教廷滿足了中國當權者的民族主義心理，當然目標在於要爭取中國這十三億人口的「信徒市場」。
關鍵在於第二項「基本原則」，也就是「不得以宗教事務干涉中國內政」。這裏有兩個層次，表面的原因是教廷對中國主教任命權的堅持，而深層的原因是中國擔心內地天主教勢力的壯大，尤其是看到許多國家（如菲律賓、東歐）因天主教的介入而促使原政權瓦解，更使中國對天主教勢力進入中國有戒心。
關於主教任命權問題，教廷已趨向於對中國讓步了。早在九十年代中期，有西方傳媒報道中梵已經對主教任命權展開尋求折衷方案的談判。折衷方案可能是：教廷同意由北京先選定主教人選，再交由梵蒂岡作形式上的任命。
但北京連這樣的折衷方案也不放心。因為即使是中國自己選出的主教，在被教廷任命之後，與教廷的關係就密切起來。當內地天主教信眾愈來愈多，將來會不會成為一股衝擊中共政權的力量，對於嗜權如命的中共政權來說，不能不預作思慮。畢竟中共對宗教自由和人權保障的觀念，與現代文明國家仍存在着極大的差距。中共只能接受在「愛國」而其實是「愛黨」的前提下，讓人民享有一點點宗教自由。一旦宗教信仰威脅到信眾對政權的信任，掌權者就不能接受了。而中共掌權者應該知道，目前人民對政權的信任度是相當脆弱的。
因此，在保衞政權大於一切的前提下，中國對於與梵蒂岡建交，並不熱心。它只是在國際輿論和美國等西方國家強烈要求中國應有宗教自由的壓力下，對宗教的管制略予放寬，比如允許內地的「三自教會」與教廷作有限度的互動，官方教會可小量傳播梵蒂岡的宗教活動訊息等等。從北京對陳水扁出席前教宗喪禮的激烈反應來看，天主教的和平、包容的信念，對中共政權來說還是相當陌生而遙遠的概念。