教宗遺體入殮時，他生前親信會在遺體頭部蓋上白色絲質面紗，教宗的主教冠放在遺體胸口，手中放一串念珠。教宗的葬服是紅色祭衣。根據《羅馬彌撒經書總論》規定，祭衣分紅、白、綠、紫、黑及玫瑰等六色，各有意義。紅色祭衣多用於基督受難節、五旬節、殉道聖人的慶典等。
包括盛載在紅袋的錢幣和紀念章、以及一份以拉丁文寫成的教宗生平撮要。陪葬的錢幣和紀念章是教宗在位時所鑄造的。有波蘭信徒特地從教宗家鄉盛載了一袋泥土帶到羅馬，希望給教宗陪葬，但未知是否獲批。
教宗長眠之地、聖伯多祿大教堂的地下墓室，墳墓位置跟耶穌門徒兼首任教宗聖伯多祿的十分接近。地下室裝飾着鑲嵌畫、壁畫、雕刻，走廊，沿途是多位已故教宗的墓室，墓室多數停放着已故教宗的雲石棺，棺頂蓋着那已故教宗的雕像，但教宗若望保祿二世生前希望把棺木埋入地下，再蓋上一塊刻着其名字和生卒年的雲石板。
曾替三位教宗遺體防腐的西尼奧拉奇家族，至今仍未接到梵蒂岡邀請為教宗若望保祿二世遺體防腐。教廷承認教宗遺體經過特別處理，但沒防腐，有專家估計教宗皮膚塗了消毒劑，遺體停放底座是冰盤，以減慢屍體腐化速度。美國《洛杉磯時報》周四報道，梵蒂岡已委託羅馬第二大學的法醫學專家阿爾庫迪為遺體暫時防腐，但他表示不會透露半點細節。
為教宗屍體防腐是很敏感的事。七八年教廷為保祿六世防腐，屍體反加速腐化。同年上任三十三天就逝世的若望保祿一世，教廷即時為他的遺體防腐，又被外界懷疑他死於非命。
波蘭一名神父相信，如果教宗獲封真福品時，他的心臟將可葬在家鄉波蘭。但移走已故教宗器官的傳統，近一百年前已遭教宗庇護十世廢除。
美國《費城日報》/英國廣播公司/美聯社/美國《洛杉磯時報》