就在全國人大行將通過《反分裂國家法》，賦予解放軍就台獨事變「先斬後奏」權力之際，台灣軍方為防解放軍對總統陳水扁執行「斬首行動」，因而擴充台北憲兵部隊的編制，增加一個砲兵營和裝甲營，共配置六千多兵力，全權負起戍守台北的責任。
台灣軍方早前研究，解放軍若突襲台北市，最可能的三種路線：一、從淡水河溯河而上；二、自基隆港沿高速公路南下；三、自市內的松山機場空降。在兵棋推演中，台軍吃了一個大敗仗。痛定思痛後，決定由陸軍堅守基隆河沿岸、高速公路、淡水河口，然後讓憲兵專責保衞台北市區，不再分散兵力。
台灣一名陸軍將領表示：「首都一旦淪陷，連總統的萬鈞裝甲車都不能用，要直接由車隊護送總統到衡山指揮所或蟾蜍山，再轉搭直升機撤離。」為確保總統安全，軍方因而簡化憲兵任務，以「反恐、情報、作戰」為主，解除海、空軍、聯勤、國防大學、中科院、國安局、軍情局等警衞勤務，只保留總統府、正副元首官邸、國防部等博愛特區的特勤警衞。
台灣將領又稱，改革後，憲兵將轉化為主打城鎮戰、地鐵戰的快速反應部隊，除配備T91戰鬥步槍外，更將建構一套「台北衞戍區無線電指管系統」。
台灣《蘋果日報》