《達文西密碼》作者丹布朗自稱在書中引用的是史實，但該書出版以來，針對反駁其內容的著作已出了不下十本，紛紛指正書中有很多謬誤之處。根據美國宗教作者韋爾伯恩的《達文西解碼：達文西密碼小說背後的事實》指出，《達文西密碼》的錯處便有以下數項：
‧小說一開始以《事實》為題，聲稱「錫安會」是一個真實存在的組織，據法國國家圖書館的檔案文件紀載，牛頓、雨果和達文西等名人都是組織成員。不過書中所指的文件，一般均相信是由二戰反猶太分子普朗塔爾偽造混進檔案中。
‧小說聲稱達文西的名畫《最後晚餐》暗藏密碼，畫中的若望其實是瑪利亞瑪達肋納，與耶穌的身影組成「M」形，暗示「聖杯」其實是「聖女」瑪利亞瑪達肋納。但藝術史家指出這個時期畫作中的施洗約翰造型通常較柔弱，但不代表是瑪利亞瑪達肋納。
‧書中進一步稱瑪利亞瑪達肋納是耶穌的妻子，並留下耶穌的血脈，後來成為法國的墨洛溫王朝。但據《聖經》記載，瑪利亞瑪達肋納是耶穌的門徒之一，耶穌曾從她身上逐出七個惡鬼。
‧書中指由華裔建築大師貝聿銘設計的羅浮宮金字塔入口有六百六十六塊玻璃，但羅浮宮官方文件指有六百七十三塊。
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