台灣揭發病死豬肉流入市面後，當局急調大批人手追查病死豬肉的來源及流向，發現病死豬肉製成的香腸、貢丸、臘肉等產品的影響範圍，可能已遍及半個台灣，懵然不知的受害者包括餐廳食客、監獄囚犯、軍營官兵及中小學生，全台官兵可能已食了一年死豬肉。當局至少已在全台灣各地搜出四千公斤病死豬肉，並扣留多名涉案肉商助查。 兩岸專題組
台北市的調查人員在環南市場發現懷疑病死豬肉及其製成品，相信病死豬肉已透過這個市場，流入台北市。台中市衞生局工作人員昨則兵分八路，往傳統市場、食品商行，甚至監獄，調查病死豬肉；除新鮮豬肉檔外，香腸、臘肉以及急凍豬肉等都是調查重點。
雲林地方檢察署大批人馬昨亦前往全台八個縣市搜查，在台北市、台北縣、嘉義縣等六處地點，搜出病死豬肉、貢丸、火鍋用料等共兩千多公斤，並帶走六名涉案人士助查。
當局指病死豬肉除供應給餐廳、監獄及軍營外，部份更供應學校。台中縣約有四份一（約六十所中、小學）學生可能吃過病死豬肉。當地衞生部門強調，因豬肉供應商用三分一的問題豬肉，摻雜到三分二的合格豬肉中出售，因此有多少人受害還待調查。
此外，其中一家被當局查獲有問題豬肉的公司，曾向台灣軍方提供長達一年的肉食品，因而推斷全台三十六萬官兵可能已經吃了一年的「死豬肉」。軍方表示，相關公司去年因肉食品品質不合格而被解約。
另方面，有傳聞指台灣黑社會把持着處理病死豬肉的全過程，原有的病死豬銷毀制度形同虛設，加上農政部門檢查不嚴格，導致病死豬肉流入市面。台灣消費者文教基金會更直指有立法委員及黑道介入，一個「利」字是病死豬肉流入市場的癥結。
行政院長謝長廷下令全力調查，看是否有公務員涉及不法行為，甚至包庇犯罪。謝長廷說：「行政院現在已經對病豬肉的來路和去處有所掌握，現正加緊追查。」
