由於對沖基金的持貨及換馬比率（turnoverratio）較傳統基金為高，加上投資範疇廣泛，故需要面對不少信用風險。當基金透過經紀買賣投資項目時，若交易價格與市場價格的差別愈大，所面對交易對手的信用風險便愈高。
對於大多數交易來說，因成交與交割的時間相隔不長，加上中介人是受到監管機構監察，出現此類風險的機會會較低；相反，從事抵押交易所面對的信用風險會較高。抵押交易包括買入及沽出遠期合約，而相關保證金比例大小則視乎不同的信貸金額而定，其中場外交易的衍生證券要承擔巨大的信用風險。期權互換成交時與平倉時的價格，執行價格和到期時的價格都會不同，所以這類交易的保證金，需要由交易的某一方保管。
此外，由於信用交易不會把頭寸價值反映於借貸金額之上，故此當頭寸錄得盈利時，投資者自可取得所有收益；然而，當頭寸錄得虧損時，也要承擔所有損失。故此無論頭寸現時的價值如何，基金都必須事先全額繳清保證金，而當基金的資產淨值急降至負值的時候，作為長倉抑或空倉的信用交易對手，皆有機會蒙受損失。
由於多數對沖基金皆會進行槓桿交易，故多存在信用風險問題。要消除這種風險並不困難，只要能夠掌握每筆未確定的交易、信用交易和衍生證券的的頭寸，加上資產項目與抵押品的差價，要預估於不同巿況中承擔的信用風險，便較容易。
不過，當取得的借貸總額經已達到其交易對手所提供的最大限額時，對沖基金便會面對被挾倉的憂慮，所以大多數基金都把槓桿比例保持在最大限額以內，以避免危機。如果基金資產值明顯下降，那麼就必須進行減持，把槓桿比率降低。假設1隻資產總額為100萬美元的基金，本身出資及融資的資本各為50萬元，如果資產貶值至75萬美元，基金的資本亦因此降至25萬美元，槓桿比率便由2倍變為3倍。
此外，對沖基金經常持有大量非流通證券，由於這些項目變現困難，可能會導致基金損失進一步擴大。遇上此情況，基金的交易對手可能會提高價格才肯接貨，令該對沖基金的損失擴大。故此，對沖基金持有資產的流動性低，因而拖低槓桿比率，導致基金業績欠佳的例子，比比皆是。有些基金更因未能應付問題而倒閉。
市場監管機構早已意識到流動性風險對整個金融體系的重要性，故早於數年前便規定，所有向對沖基金提供借貸的銀行，要根據《巴塞爾協議》（BasleAgreement）先行計算流動性和營業風險──銀行資本充足率不能低於8%。要衡量前述兩項風險，以往投資者可根據對沖基金手持項目的總數或每個項目佔總資產的平均比重等推算出來。若果需要更加精確的方法，對沖基金經理會使用壓力測試（Stresstesting），透過實例如87年股災提供分析對沖基金流動性風險的數據，配合模擬成交量、交易成本及不同資產的相互關係來計算。