辜振甫與國民黨關係非常密切，但他年輕時，曾因牽涉入台獨活動而坐牢，其同父異母弟弟辜寬敏，更是激進台獨分子，長期流亡海外從事台獨活動。
一九四五年，日本投降，台灣等待中國接收。當時在台的日本少壯派軍官，與辜振甫、林獻堂等台灣鄉紳，企圖建立台獨組織要求自治。該組織雖胎死腹中，但國民黨接收台灣後，辜振甫遭告密，被控以「陰謀竊據國土」罪，判監兩年兩個月。
對此，辜振甫曾表示：「坐這種牢，有甚麼不名譽呢？」辜振甫後來在商界發展，與執政的國民黨關係愈來愈密切，一九八二年後更當選為國民黨中常委。
其同父異母弟弟辜寬敏，卻由始至終堅持台獨，在台灣大學讀書時已從事地下反對運動，其後流亡日本，積極參與海外台獨活動，曾被國民黨政府列入黑名單。
七十年代，辜寬敏曾一度放棄台獨，獲准回台，到八十年代後期台灣解除戒嚴，又再投身台獨運動，及後更成為「台獨黨」、「建黨」顧問。民進黨上台後，辜寬敏獲委任為總統府資政。
辜寬敏昨表示，元旦日到醫院看望辜振甫，當時兄長眼眶含淚不能言語，他忍不住紅了眼。他說，他還記得，七十年前辜振甫揑他臉頰的動作。
台灣《蘋果日報》