在皇崗口岸經營的直通巴士公司多達八十三家，各公司均需按內地單位規定，先投資巨款與內地單位設立聯營公司，獲得經營皇崗直巴的批文後，再持批文向本港運輸署申請配額。由於需斥資與內地單位合組公司，直接加重經營成本，票價一定程度受到影響。
環境運輸及工務局局長廖秀冬透露，直巴經營者投資在內地聯營公司的款額相當大，由於深港西部通道還有一年多便落成，直巴和其他車輛配額或放寬，深港雙方將就此商討，預計兩年內完成。
直巴公司跨境全日通市場總監盧士科承認，投資在聯營公司的金額相當龐大，他歡迎政府爭取取消有關安排，但票價取決於油價和維修等成本，故即使取消聯營公司的投資，票價也不一定有下調空間。油尖24小時跨快線總經理連忠輝說，聯營公司制度由八十年代開始，行之有效。
立法會交通事務委員會成員鄭家富批評，現時直巴審批經營權欠透明度，往往予人一種國內關係「好啲」，就可取得經營權的印象。港府應與內地部門訂立清晰及透明度高的投標準則，以有效監察直巴運作。
本報記者