政務司司長曾是公務員之首，自推行問責制後，公務員事務局局長成為公務員之首，但作為政務司司長的曾蔭權，在涉及政務主任的大事，都會直接約見政務主任。不過，曾蔭權與政務主任的關係已大不如前，有政務主任私下表示，兩年前董特首宣布設立高官問責制時，曾蔭權曾召集全體政務主任到政府總部解釋，當時有三百多人出席，他以體恤的語氣說，了解政務主任的工作艱辛，要應付政策工作，又要處理立法會質詢，有了局長後，政務主任的工作負擔可減輕，局長會負責政治方面的工作，例如向立法會解釋和推銷政策，公務員則維持政治中立。
但自問責制實施以來，曾蔭權的講話沒有兌現，不少立法會會議都是由政務主任職系人員擔任的常任秘書長或副秘書長出席解畫，更遑論減輕工作量。
本報記者