美國九一一事件獨立調查委員會周三起舉行最後兩天聽證會前，發表初步報告，其中厚二十頁的《九一一陰謀概要》，披露拉登的恐怖組織阿蓋德二○○一年九月劫機撞樓造成三千人死亡的襲擊背後，原本有更驚天動地的陰謀，包括可能騎劫往返香港的客機。報告並指阿蓋德雖然有不少高層落網，仍設法想再發動一場規模不亞於九一一的生化襲擊。
九一一襲擊的幕後黑手是沙地阿拉伯恐怖大亨拉登，主謀則是來自巴基斯坦的科威特裔男子哈立德．謝赫．穆罕默德；一九九三年紐約世貿中心爆炸案主謀優素福是他的外甥。被美國拘捕後囚於秘密地點的穆罕默德在盤問中披露，早在九四年，他已密謀兩天內在太平洋上空炸毀十二架美國客機。
九九年中，他以這項陰謀為藍本向拉登提出新建議：一方面騎劫客機撞向美國國內目標，另方面騎劫由東南亞起飛的美國客機，在太平洋上空引爆，或在日本、新加坡、南韓騎劫客機撞向美國目標。在美國與海外的襲擊要同時進行，以製造最大的心理衝擊。
奉拉登之命協助他的也門人哈拉達，二○○○年一月曾乘坐一班來往泰國曼谷和香港的客機探路，並將結果向拉登滙報。他在九九年底已曾成功嘗試將𠝹刀藏在個人用品袋中，登上一班美國客機由吉隆坡飛抵香港。拉登最終因襲擊涉及兩個區域太難協調，因而否決計劃。
穆罕默德提出同時在東南亞和美國發動襲擊前，先向拉登提出騎劫十架客機，其中九架分別撞向美國東西兩岸的目標，包括紐約世貿中心、華盛頓國防部五角大樓、核電站、中央情報局和聯邦調查局的總部，以及加州和華盛頓州最高的建築物。
陰謀核心在於由他親自騎劫駕駛第十架客機，殺光機上男乘客後，降落在美國的機場，在發表譴責美國中東政策的演說後，盡釋機上婦孺。但拉登認為計劃太複雜而否決。
計劃經多次更改後，拉登決定只騎劫四架客機襲擊美國本土。四個目標各具象徵意義：五角大樓代表美國軍力、紐約世貿中心代表美國經濟富強、國會山莊是美國支持以色列政策的源頭，還有就是美國總統官邸白宮。
整個襲擊計劃花了約三百一十二萬至三百九十萬港元，未包括在阿富汗訓練劫機者。計劃並非一直順利進行。原定有二十五至二十六名劫機者，但其中九人因簽證問題、家庭壓力等原因無法參與。最後行動的十九人全都由拉登點選。
主要劫機者阿塔在襲擊三周前，才選定九月十一日這天，原因是美國國會議員休暑後復會。早在二○○○年，拉登已要求穆罕默德施襲。之後拉登想在○一年五月十二日，即美軍軍艦「科爾」號受襲七個月紀念日，或六、七月以色列總理沙龍訪美見美國總統喬治布殊時襲白宮，但兩次都因準備不足而擱置。
穆罕默德連劫機的最佳時機也算定，即在客機起飛十至十五分鐘後，因駕駛室門往往在此時打開。阿蓋德內部曾為襲擊計劃鬧分歧，拉登、阿塔和穆罕默德在應以國會山莊或白宮為襲擊目標的問題上有爭拗。計劃實行數個月前，領導層中有人認為應聽從塔利班領袖奧馬爾不攻擊美國，另有人擔心遭美國軍事報復，但拉登最終決定發動襲擊，因為他認為「阿蓋德做的事愈多，獲得的支持就會愈多」。
阿蓋德曾在阿富汗訓練二萬人，鼓勵他們想出能「造成重大傷亡」的襲擊方法。曾提建議包括：迫俄羅斯向美國發射核武、在伊朗猶太人地區發動芥子氣或山埃襲擊及在大廈通風口放毒氣等。阿蓋德也希望獲得核武和生化武器施襲，最可能會使用「骯髒彈」。
這些陰謀未付諸實行，但美國空防反應遲緩，白宮、軍方及民航當局之間「一片混亂」，終於發生九一一恐怖襲擊。副總統切尼在三架客機撞向紐約世貿和國防部後，下令擊落其他被劫飛機，但命令直到第四架、即最後一架被劫的客機墜毀後，才下達至空軍。
美聯社/路透社/法新社