《基本法》中並無「行政主導」字眼，不過這四個字卻成為香港政改的緊箍咒。人大常委會除了否決雙普選外，還規限了○八年立法會的直選議席比例不得增加，理由就是：回歸至今，行政主導體制的運轉還未完全達到《基本法》規定的要求，行政與立法之間的配合還在磨合中，故今年九月立法會直選與功能組別各佔一半議席的格局形成後，還需一段時間實踐驗證。
中文大學亞洲太平洋研究所中國法制研究計劃榮譽研究員王友金指出，「磨合」並非嚴謹的法律用字，因為「磨合」意味行政與立法機關在工作過程中，必定有某一方權力受「磨損」去「配合」。另一方，他認為《基本法》立法精神是要求行政、立法機關互相制約，「立法主導不行，行政主導亦不行，完全的行政主導不就是極權嗎？所以《基本法》沒有寫下行政主導，現時採用的是互相制約的精神。」
王友金續稱立法會有權否決政府提出的預算案，就是體現互相制約的安排，「立法會不能提出涉及開支的議案，因為這是行政機關的權力，但可以否決預算案，目的是制約行政機關的權力。」他認為京官強調行政主導，其實只是中央「甚麼事也要過問的藉口。」
除了強調行政主導，北京「護法」曾提出香港不存在三權分立，因為終審法院沒有違憲審查權，不過，王友金指中國實際上亦是採取行政、立法及司法三權分立，「三權分立是資本主義的名詞，所以護法不說，但在中國若行政機關犯法，始終是由司法機關執法，這不是三權分立嗎？」王友金認為若確認三權分立互相制約的體制，便不存在行政、立法機關需「磨合」的問題。
美國華盛頓喬治敦大學法學院副院長費能文（JamesFeinerman）表示，香港現行政治體制基本上繼承了殖民地時代行政主導的制度，他質疑這種十九世紀的管治模式是否適用於二十一世紀，而目前香港政制面對最大的問題，是立法會的民意認受性愈來愈高，特首卻只由一個代表性狹窄的選舉委員會推選，被視為偏幫既得利益者，故必須加以改革才能令政制暢順運作。
費能文認為只有普選特首及立法會，才能解決目前行政及立法機關經常出現衝突的情況，他又建議設立一個憲制法庭處理有關《基本法》的爭議，以維護香港司法獨立。
記者：羅偉光